La Escuela Académico Profesional de Ingeniería Ambiental fue creada oficialmente mediante la Resolución Rectoral N.º 01998-R-2013 del 3 de mayo de 2013, a partir de la iniciativa y sustento académico presentado por la Dra. Silvia del Pilar Iglesias León, docente de la Facultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica (FIGMMG).

Posteriormente, la Asamblea Nacional de Rectores reconoció su creación y funcionamiento mediante la Resolución N.º 2444-2014-ANR, emitida el 27 de octubre de 2014, formalizando su incorporación al sistema universitario nacional.

Como parte del crecimiento institucional, la Escuela fue incluida en el Cuadro General de Vacantes para el proceso de admisión 2015 de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, a través de la Resolución Rectoral N.º 03123-R-14, del 17 de junio de 2014, lo que permitió el ingreso de su primera promoción de estudiantes.

 Desde su creación, la EAP de Ingeniería Ambiental se ha consolidado como una unidad académica comprometida con la formación de profesionales capaces de enfrentar los retos ambientales del país, con una sólida base científica, técnica y ética, en línea con las demandas del desarrollo sostenible.