La Escuela Académico Profesional de Ingeniería Civil de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos fue oficialmente creada el 18 de diciembre de 2009, mediante la Resolución Rectoral N.° 05835-R-09, durante el rectorado del Dr. Luis Fernando Izquierdo Vásquez. Esta creación fue impulsada por el Ing. Ricardo Ramiro Santos Rodríguez, quien elaboró el anteproyecto, y por el Ing. Renán Pacheco Abad, entonces Director de la EAP de Ingeniería Geográfica, quien elevó la propuesta al Decanato de la Facultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica (FIGMMG).

El Consejo de Facultad aprobó la propuesta el 1 de diciembre de 2009, a través de la Resolución de Decanato N.º 615/FIGMMG-D/09, la cual fue posteriormente ratificada por el Consejo Universitario.

En sus inicios, la Escuela no contaba con presupuesto, infraestructura, docentes ni personal administrativo. Sin embargo, gracias al esfuerzo y liderazgo del Mg. Honorio Santiago Campoblanco Díaz, y con el apoyo de los directores de las escuelas de Ingeniería Geográfica (Ing. Walter Arévalo Gómez) e Ingeniería de Minas (Dr. Alfonso Romero Baylón), se iniciaron las actividades académicas.

El Decano Mg. Carlos Cabrera Carranza gestionó, mediante el Oficio N.º 0319/FIGMMG-D/10, la asignación de un terreno para la construcción del pabellón de Ingeniería Civil. Esta solicitud fue aprobada el 4 de junio de 2010, asignándose un terreno de 3,572 m² dentro del campus universitario mediante la Resolución Rectoral N.º 02993-R-10. El primer director designado fue el Mg. Ricardo Ramiro Santos Rodríguez, mediante la Resolución Decanal N.º 319/FIGMMG-D/2010.

La Asamblea Nacional de Rectores reconoció oficialmente la creación y funcionamiento de la Escuela mediante la Resolución N.º 1317-2011, del 7 de noviembre de 2011.

Ese mismo año, se aprobó el Cuadro de Asignación de Personal (CAP) con 10 plazas para docentes ordinarios, quienes fueron seleccionados por concurso público en noviembre de 2011:

1. Mg. Ricardo Ramiro Santos Rodríguez

2. Ing. Octavio José Caya Ramos

3. Arq. Gina Gabriela Chambi Echegaray

4. Ing. Edgar Gabriel Jiménez Rodrigo

5. Ing. Félix Santiago Sánchez Benites

6. Lic. Franci Benito Cruz Montes

7. Ing. Omar Demetrio Tello Malpartida

8. Lic. Elvis Bustamante Ramos

9. Mg. Sergio Madrid Chumacero

10. (†) Ing. Giovanni Renato Cornejo Merino (fallecido)

Posteriormente, debido al fallecimiento de un docente y la renuncia de otro, el número se redujo, pero fue restituido con la incorporación de un nuevo docente por cambio de departamento, alcanzando nuevamente 9 docentes ordinarios.

El proyecto de factibilidad para la implementación de la Escuela fue aprobado en noviembre de 2011. La primera etapa de construcción del pabellón se inició el 26 de septiembre de 2013 y fue inaugurada el 23 de julio de 2014. La obra fue recepcionada oficialmente el 23 de julio de 2015, tras ser evaluada por el Comité de Recepción designado mediante la Resolución Rectoral N.º 00806-R-15.

La segunda etapa fue aprobada mediante la Resolución Rectoral N.º 01627-R-15 y fue inaugurada el 12 de julio de 2016, consolidando así la infraestructura básica de la Escuela.

El Departamento Académico de Ingeniería Civil fue creado mediante la Resolución Rectoral N.º 01996-R-13 en mayo de 2013, siendo rector el Dr. Pedro Cotillo Zegarra. Su primer coordinador fue el Ing. Octavio José Caya Ramos, elegido por mayoría en julio de 2013 y posteriormente ratificado mediante la Resolución Rectoral N.º 02050-R-14.

El departamento está conformado por docentes de disciplinas afines y tiene como funciones principales la coordinación académica, distribución de carga docente y apoyo a la gestión académica de la Escuela.